Puzzle Quest 2 é a continuação da popular franquia que conseguiu misturar com sucesso puzzle ao estilo Bejeweled e RPG. O objetivo do jogador é criar combinações de três ou mais peças para coletar energia ou danificar diretamente o oponente, existindo diversos equipamentos e habilidades especiais que ditam o rumo das partidas.

Há quatro classes de heróis disponíveis. E existe uma versão masculina e outra feminina para as seguintes: assassino, bárbaro, feiticeiro e templário. Cada uma possui uma especialidade e artifícios exclusivos, sendo que muitos itens só podem ser utilizados por classes específicas. Com o progredir da aventura o herói adquire experiência e ouro, ganhando níveis e adquirindo acessórios mais apropriados.

Diferente do antecessor, em Puzzle Quest 2 o personagem caminha pelos cenários, em vez de apenas selecionar destinos pelo mapa. Dessa forma, o título reforça a característica de ser uma aventura de RPG.