O jogo é fixado em Raccoon City e começa um dia antes dos acontecimentos de Resident Evil 2 (28 de setembro) e termina dois dias depois (1 de Outubro). Há vários eventos que ligam os dois jogos.
A característica fundamental do jogo é um novo chefe: Nemesis, um modelo experimental de Tyrant (“tirano”) programado pela Umbrella para eliminar os membros da S.T.A.R.S. Nemesis tem capacidades semelhantes às de Jill, e também é o primeiro monstro capaz de usar as portas para acompanhar o jogador de uma área para outra. A criatura reúne várias vezes durante o jogo, em momentos – chave, combates finais, e ocasional e aleatória reuniões durante as explorações da cidade.
Ao contrário dos dois antecessores do jogo (o jogador pode optar por jogar o personagem), o jogo incorpora quase sempre Jill Valentine, mesmo havendo curtas seções em que o jogador controla o agente operacional Carlos Oliveira, em que o jogador deve recuperar uma cura para o T-vírus que está fluindo no sangue de Jill. No entanto, muitas armas estão disponíveis durante o jogo, cada um com seus prós e contras.
Existem algumas pequenas melhorias, em comparação com os jogos anteriores. Resident Evil 3 incorpora uma evasiva de emergência que permite ao jogador para evitar os ataques dos inimigos, ou empurrar os zumbis se o jogador pressionar o botão ação haverá uma segunda prévia que ataca o inimigo. O jogador também pode rodar sobre si 180 graus, pressionando rapidamente o botão para trás, juntamente com o botão de correr.
O jogo também inclui um sistema de criação único com munições que podem ser criadas por novas munições através do instrumento de armazenamento de balas, ou uma combinação de vários tipos de munições entre si. Os jogadores também podem disparar nos barris de petróleo ou bombas colocadas em determinadas zonas obtendo pequenas explosões que podem matar inimigos por perto.
Outra novidade é o Lança Granadas. O Lança granadas pode usar granadas que reforça a sua capacidade de atingir os inimigos.
Em alguns pontos do jogo, aparece uma tela branca, em que se pode escolher entre duas ações possíveis (não escolher entre as duas é uma terceira opção), alterando o enredo que cada história toma. O tempo para fazer a escolha é limitado antes de o jogador enfrentar o adversário.